中国中医科学院针灸研究所的前身是中央人民政府卫生部直属的针灸疗法实验所，成立于1951年8月2日。
1950年，在时任中央人民政府卫生部妇幼卫生局副局长朱琏的主持下，妇幼司成立妇幼卫生工作大队针灸小组。在此基础上，1951年7月，“中央人民政府卫生部针灸疗法实验所”由政务院文教委员会批准成立，8月2日正式挂牌，地点设在北京市东城区帅府胡同4号院，共有26名编制。同年10月20日，卫生部任命朱琏兼任针灸疗法实验所主任（首任所长）。针灸研究所初创时期，经历了“两居东城，三迁西城”的艰难迁址，也得到了毛泽东、周恩来、朱德、董必武等老一辈革命家的关心、爱护与支持。针灸实验所工作起初是以临床医疗及教学培训为主，实验研究为辅，当时还派出医疗队到全国各地开展治病、培训及研究。
1954年10月，卫生部直属中医研究院筹备处成立，朱琏兼任筹备处副主任。针灸疗法实验所划归中医研究院筹备处领导，并与原北京中医进修学校的基础部分和华北中医实验所的针灸科合并，迁址到西城区西四马市大街72号院。1955年12月19日，中医研究院宣告成立，针灸疗法实验所更名为“中医研究院针灸研究所”。1958年夏，针灸研究所迁入中医研究院院本部（现广安门医院院址）。1962年7月，中医研究院将针灸研究所、外科研究所合并办公。1963年4月30日，中医研究院成立广安门医院，针灸研究所将广安门医院作为临床基地。1964年4月，为开展对经络的研究，中宣部从中国医学科学院、北京医学院、北京中医学院抽调一批学术骨干组建了“经络研究所”（现东直门内针灸所所址），由中国医学科学院实验医学研究所副所长张锡钧教授兼任所长。
1970年9月，在周恩来总理的关怀下，卫生部调集中医研究院针灸研究所和原经络研究所的有关人员50余人，合并组建“中医研究院针灸经络研究所”，所址设在经络研究所原址-中医研究院大白楼。1973年针灸经络研究所迁入“针灸研究所大楼”（4层）及独栋二层灰楼（门诊用，即后来的中医研究院“国针班”大楼）。
1979年，中医研究院针灸经络研究所恢复更名为“中医研究院针灸研究所”。1981年8月，经中国科学技术协会批准，针灸研究所创办《中国针灸》杂志，随后代管《针刺研究》杂志。1983年，世界卫生组织（WHO）确认中医研究院针灸研究所为该组织所属传统医学（针灸）合作中心。同年10月13日，原“中医研究院国际针灸班”更名为“中国北京国际针灸培训中心”。
1987年11月，针灸研究所承办世界针灸学会联合会成立大会暨第一届世界针灸学术大会。1991年，在国家科委批准下，针灸研究所创办了《世界针灸杂志》。1994年，国家中医药管理局批准针灸研究所筹建部局级重点实验室——国家经络研究中心。
2001年，针灸研究所“针灸学科”被批准为国家中医药管理局重点学科。2003年，针灸研究所的“针灸机能研究室”被评为国家中医药管理局三级实验室。2005年，由朱兵研究员承担的“穴位内脏效应的规律研究”中标国家重点基础研究发展计划（973计划），获得资助经费450万元，成为针灸研究所有史以来获得资助最多的项目。2005年11月，针灸研究所门诊部经卫生部、中医药管理局和北京市东城区卫生局批准，更名“中国中医科学院针灸医院”。2008年，针灸研究所“针灸基础理论创新与方法学研究室”成为国家中医药管理局首批重点研究室。2011年，针灸研究所获得“973计划”项目资助，成为首席科学家单位。新的时期，针灸研究所进入蓬勃与繁荣的发展阶段，各项事业均有条不紊，蒸蒸日上，也取得了更多更加辉煌的成绩。
