“针灸基础理论创新与方法学”研究室于2007年确立为国家中医药管理局首批重点研究室建设单位，依托中国中医科学院针灸研究所针灸基础理论研究室，经过数年扎实的学术建设，分别于2011年、2017年顺利通过国家中医药管理局评估验收。
一、重点研究方向
在十余年的建设周期中，“针灸基础理论创新与方法学”重点研究室不断总结、深化以往研究成果，面向针灸学科发展的基础性重大需求和关键理论问题，凝练研究方向，开展了有针对性的研究工作。
1、针灸理论研究
（1）针灸概念术语研究
针灸概念术语是构成理论的核心单元，然而长期以来，针灸理论概念术语缺乏系统整理和深入研究，是针灸学科发展中亟需解决的重要的基础性问题。重点研究室在大量考察古今相关文献的基础上，对针灸理论概念的内涵、外延、运用状况、演变情况、影响因素等进行系统梳理和深入考证，规范概念名称，厘清概念定义。
（2）针灸理论内涵研究
对针灸理论中的重要内容与疑难方面，进行了深入研究，：提出四肢脉与躯干脉的二元结构，使经脉系统更为符合经脉腧穴理论蕴含的针灸治疗规律；需要还原经脉理论形成的历程，探讨经脉理论发展的影响因素，提出经脉理论重构的思路与方案，对于深入认识经脉理论科学内涵有重要作用；提出针灸刺激和治病的“叩钟”说，要重视腧穴近治作用，对认识腧穴以及经脉内涵，乃至针灸疗法等都有启发意义。
（3）针灸理论框架结构研究
基于针灸概念术语研究，详细辨析概念之间的复杂关系，明确概念所属范畴，细化概念层级，构建层次清晰、结构合理的针灸概念体系。梳理、辨析针灸理论的重要命题，总结归纳针灸理论相关专论。以概念体系为支撑，将针灸理论命题与专论作为重要说明，构建针灸理论框架结构。
2、针灸文献研究
对66种针灸古籍进行系统梳理，除了传统目录学包含的书名、作者、版本内容的介绍外，还特别注重对原书体例、基本构成、采用文献特点、学术价值及其失误的考察，开展国家出版基金项目《针灸古典聚珍》的研究与出版工作。
首次整理元代三部针灸古籍抄本《窦太师针经》《针灸集成》《盘石金直刺秘传》，对其书名、作者、年代、版本、传本源流、基本构成、相互关系及学术价值等进行详细考证。
3、针灸学术史研究
对民国时期针灸文献进行系统收集整理，收集100余种针灸医籍，撰写提要。对民国及建国初期针灸科学化进行系统考察，阐明此时段针灸学术演变的特点、内在根源及其影响，对朱琏、马继兴等学者的学术思想进行重点梳理。
从传世文献中将不同时期、不同来源的“扁鹊医籍”碎片检出，将其置于正确的位置，梳理出不同传本的脉络，勾勒出早期扁鹊医学的基本学术传承脉络。
4、方法学探索
（1）系统整理古代针灸医案，分析古代针灸医案的研究思路与方法，提出重建针灸诊疗规范的思路与方法。
（2）表面解剖学、影像学、人体测量学方法结合传统文献考证，为腧穴定位和取穴研究提供方法学示范。
（3）引入诠释学方法，结合传统文献梳理，考察针灸理论经典注释传承。
（4）引入信息技术方法，结合传统文献理论研究，进行古代散在针灸文献信息资源建设与知识谱系构建研究。
二、重要研究成果
（1）2008年度中国针灸学会科技进步奖二等奖：“经穴定位国际标准研究”
（2）2009年度国家质量监督检验检疫总局、国家标准化管理委员会“中国标准创新贡献奖”二等奖：“国家标准《腧穴名称与定位》”
（3）2009年度中华中医药学会首届中医科普著作奖二等奖：《黄龙祥看针灸》
（4）2010年度中国中医科学院科学技术奖一等奖：“针灸理论文献通考——概念术语规范与理论的科学表达”
（5）2011年度中国中医科学院科学技术奖三等奖：“针灸骨度数值标准”
（6）2014年度中国针灸学会科学技术奖二等奖“针灸理论文献通考——概念术语规范与理论的科学表达”
（7）2015年度中华中医学会学术著作奖三等奖：《针灸关键概念术语考论》
（8）2016年度中国针灸学会学术著作奖一等奖：《针灸史话》（汉英对照）
（9）2018年度中华中医学会学术著作奖三等奖：针灸学基本概念术语通典（上下册）
三、代表性著作
（1）黄龙祥．元代珍稀针灸三种．人民卫生出版社，2008年
（2）黄龙祥．黄龙祥看针灸．北京：人民卫生出版社，2008年
（3）黄龙祥．国家标准《腧穴定位图》．北京：标准出版社，2008年
（4）黄龙祥．国家标准《腧穴名称与定位》挂图．北京：人民卫生出版社，2009
（5）张立剑主编．针灸图说．青岛：青岛出版社，2009年
（6）张立剑主编．针灸史话．北京：人民卫生出版社，2010年
（7）黄龙祥审订，岗卫娟、李素云等译．世界卫生组织标准针灸经穴定位（西太平洋地区）》（中英对照．北京：人民卫生出版社，2010年
（8）黄龙祥，黄幼民.针灸腧穴通考——<中华针灸穴典研究>（上下册）.北京：人民卫生出版社，2011年
（9）黄龙祥，黄幼民《EVIDENCE BASED SURFACE ANATOMY AND IMAGING FOR ACUPUNCTURE.人民卫生出版社，2012年
（10）赵京生主编.针灸关键概念术语考论.北京：人民卫生出版社，2012年
（11）李素云.西医东传与针灸理论认识之演变.北京：学苑出版社，2012年
（12）张立剑、杨金生主编.北京非物质文化遗产丛书——中医针灸.北京：文化艺术出版社，2013
（13）赵京生主编.针灸理论解读——基点与视角.北京：中国中医药出版社，2013
（14）赵京生主编.针灸学基本概念术语通典（上下册）.北京：人民卫生出版社，2014
（15）张立剑主编.朱琏与针灸.北京：人民卫生出版社，2015
（16）黄龙祥.经脉理论还原与重构大纲．北京：人民卫生出版社，2016
（17）黄龙祥.针灸典籍考.北京：北京科学技术出版社.2017
（18）黄龙祥.中国古典针灸学大纲.北京：人民卫生出版社.2019
（19）赵京生.针意.北京：人民卫生出版社.2019
（20）杨峰，朱玲主编.中医药知识传承与信息化表达.北京：中医古籍出版社.2020
