本室前身为针灸文献研究室，六十余年来一批杰出的专家学者在古代针灸文献整理研究等方面作出了突出成绩，为针灸学科的发展做了大量卓有成效、影响深远的基础性工作，长期居于学界领先地位。
2005年在科技体制改革及学术研究发展的背景之下，本室更名为针灸基础理论研究室，十余年来持续关注针灸学科建设与发展的重大需求、关键问题与薄弱环节，承担多项国家级课题，在传统针灸理论内涵、概念术语及学术史研究等方面，取得一系列突出成果，提出的学术观点受到广泛关注，形成了针灸理论研究的高地，为国家中医药管理局首批重点研究室、中国针灸学会针灸文献专业委员会挂靠单位，在学界发挥了重要的研究示范和引领作用。
本室现有研究人员5名，其中正高4名，副高1名；具有博士学位人员3名，院首席研究员1名，院级学科带头人1名，博士后合作导师1名，博士生导师1名，硕士生导师2名，在站博士后2名，在读博士研究生3名、硕士研究生7名，已形成了一支梯队合理、精干团结的研究队伍。
目前，本室着力于针灸理论内涵解读与现代表达，针灸理论框架结构调整，针灸文献资源系统整理与信息化建设，古代针灸方评价等研究。
