本室前身为针灸文献研究室，六十余年来一批杰出的专家学者在古代针灸文献整理研究等方面作出了突出成绩，为针灸学科的发展做了大量卓有成效、影响深远的基础性工作，长期居于学界领先地位。
2005年在科技体制改革及学术研究发展的背景之下，本室更名为针灸基础理论研究室，十余年来持续关注针灸学科建设与发展的重大需求、关键问题与薄弱环节，承担多项国家级课题，在传统针灸理论及概念术语研究等方面，取得一系列突出成果，提出的学术观点受到广泛关注，形成了针灸理论研究的高地，为国家中医药管理局首批重点研究室、中国针灸学会针灸文献专业委员会挂靠单位，在学界发挥了重要的研究示范和引领作用。
本室现有研究人员7名，其中正高5名，副高1名，中级1名；具有博士学位人员4名，院首席研究员1名，院级学科带头人1名，博士后合作导师1名，博士生导师1名，硕士生导师2名，在读硕士研究生4名，已形成了一支梯队合理、精干团结的研究队伍。
目前，本室承担2项国家自然科学基金面上项目，1项国家社科基金重大项目子课题，4项中国中医科学院科技创新工程项目，2项中国中医科学院优秀青年科技人才专项，着力于针灸理论内涵解读与现代表达，散在针灸文献资源系统整理与信息化，古代针方评价，唐以前针灸学术史等领研究。
